Hrana za zdravo hrano s peptidi mora biti le na hladnem in suhem mestu.

Za peptidne reagente in peptidna zdravila jih je treba hraniti v sušilniku. Liofilizirane peptide lahko postavite na sobno temperaturo, preden jih izpostavite zraku. To bo zmanjšalo vpliv vlage, in kadar sušenje z zamrzovanjem ni mogoče, je najboljši način shranjevanje v majhnih delovnih volumnih vzorcev. Za peptidne reagente, ki vsebujejo Cys, Met ali TrP, je deoksidacijski pufer bistvenega pomena za njihovo raztapljanje, ker peptidni reagent zlahka oksidira z zrakom, dušik ali argon, ki počasi prehajata iz polipeptidnega reagenta pred tesnjenjem steklenice, pa bo prav tako zmanjšal oksidacijo. Peptidni reagenti, ki vsebujejo Gln ali Asn, se tudi zlahka razgradijo in vsi peptidi imajo omejeno življenjsko dobo v primerjavi s tistimi, ki ne vsebujejo teh problematičnih liozidov.
Peptidi imajo širok razpon topnosti. Glavna težava pri netopnosti peptidov je tvorba sekundarnih struktur. To se zgodi pri vseh peptidih, razen pri najpomembnejših, zlasti pri peptidih z več hidrofobnimi ostanki. Sol spodbuja nastanek sekundarne strukture. Priporočamo, da peptid najprej raztopite v sterilni destilirani vodi ali deionizirate. Če je potrebno povečati topnost, se lahko uporabi sonikacija. Raztapljanje je še vedno problem, dodajanje majhne količine razredčene ocetne kisline (10 odstotkov) ali amoniaka bo olajšalo raztapljanje.
Za dolgoročno ohranitev peptidnih reagentov je najbolje, da jih sušite z zamrzovanjem, hladno posušen prah pa lahko shranite pri -20 stopinjah ali nižje več let z malo ali brez razgradnje. Peptidi v raztopini še zdaleč niso stabilni. Peptidi so dovzetni za bakterijsko razgradnjo in jih je treba raztopiti v sterilni prečiščeni vodi.
Raztopine peptidov, ki vsebujejo ostanke Met, Cys ali Tyr, imajo omejeno življenjsko dobo zaradi oksidacije. Raztopiti ga je treba v anaerobnem topilu, da se prepreči ponavljajoče se uničenje z zamrzovanjem in odmrzovanjem, priporočljivo je, da se presežek peptida raztopi v poskusu iztrebkov, preostali del polipeptida pa se ohrani kot trdna tvorba.